داستان یک دهه بعد از نسخه پیشین رخ میدهد، هنگامی که خدایان کنترل تایتانهای زندانی شده را از دست دادهاند و یکبار دیگر از پرسئوس برای نجات پدرش زئوس، شکست دادن تایتانها و نجات بشریت درخواست کمک میکنند…
داستان دربارهٔ ۴ لاکپشت نینجا به نامهای لئوناردو، رافائل، مایکل آنجلو و دوناتلو میباشد که باید در برابر دشمنی اهریمنی و بدجنس به نام «شریدر» ایستادگی نمایند…