"باب اسفنجی شلوار مکعبی" به همراه بهترین رفیقش "پاتریک"، شهر بیکنی باتم را ترک می کند تا به دنبال تاج گمشده شاه "نپتون" بگردد و آن را به شهر باز گرداند...
باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوزئیدون «دزدیده» شدهاست، میروند و آنها به شهر گمشده آتلانتیس سفر میکنند. این فیلم همچنین برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری را فاش میکند.